POZOR! SPOILERY!
Příběh se odehrává ve světě, který chce zničit Millennium Earl. Vytváří akumy, který zabíjí lidi a tím sílí a vyvíjí se. Pro jejich záchranu byl kdysi stvořený innocence, který se rozpadl na 109 úlomků po celé zemi. Tyto úlomky pak kompatibilní lidé mohou využít pro boj proti akumám. Na akumy nezabírají žádné zbraně a lidé po zasažení akumým jedem hned zemřou. Každý innocence má jinou moc.
Hlavní hrdina tohoto příběhu je Allen Walker, 15ti letý chlapec. Když byl hodně malý, zemřel mu jeho adoptivní otec. Earl využil jeho žalu a nabídl mu, že jeho otce oživí. Ale to byla lež a stvořil tak akumu. Po té, co na Allena zaútočila, se probudil innocence v jeho levé ruce a zachránila ho. Během toho ho ale jeho otec proklel, a objevilo se mu prokleté oko, díky kterému vidí akumy. Poté se ho ujal generál Cross Marian. V 15ti letech ho Cross poslal na základnu exorcistů, která se nazývá Temný řád. Tam se setká s dalšími exorcisty a společně ničí akumy.
Později se na scéně objeví nové zlo. Klan noah. Jsou to lidé, kteří o sobě říkají, že jsou nadlidi. Jsou nesmrtelní a hodně silní. Earl dál tvoří akumy ve velkém počtu a jde po tzv. srdci innocencu. Ten prý po jeho zničení, zničí i všechny ostatní innocence. Zaměří se na generály, protože jsou nejsilnější. K jejich záchraně poslali několik exorcistů. Allen, Lenalee, Lavi a Bookman šli za generálem Crossem. Během této cesty byl Allen a Lenalee skoro zabiti, ale zachránil je jejich innocence. Proto si ostatní myslí, že jeden z nich musí mít srdce innocencu.
Příběh pokračuje tak, že se Řád dozví, že vzpomínky 14týho noaha (který zradil Earla a byl jím zabit) byly implantovány do Allena. Allena proto zadrží a nechají ho hlídat inspektorem Linkem.
D.Gray-man Hallow
Příběh dále pokračuje tak, že Millenium Earl vymyslí plán, jak 14tého v Allenovi probudit a napadl se všemy noahy základu exorcistů, kde uchovávali v umělém spánku Almu, který byl spolu s Kandou pokusný králík. Nakonec se mu to povede, když ho Kanda svým innocence v pomatení mysli probodne… Naštěstí se Allenovi zase podaří získat nadvládu nad svým tělem, a po dobojování ho zavřou do cely, jako zrádce.
Tam se ho pokusí zabít tajemný kardinál, ze kterého se vyklube samostatný innocence, který se snaží Allena pohltit. Objeví se však Tikky a Road, kteří Allena zachrání a utečou spolu z Řádu. Nakonec se ale rozdělí, neboť s noahy Allen nechce mít nic společného a prchá sám, pronásledován Řádem…